Seit 1965 lebt und wirkt Zauner als freier Schriftsteller in Rainbach (Innkreis) und gilt als einer der bedeutendsten österreichischen Autoren der Gegenwart. In seiner großen Romantetralogie „Das Ende der Ewigkeit“ behandelt er aus der Perspektive eines kleinen Innviertler Dorfes den großen gesellschaftlichen Umbruch, der in der Mitte des vorigen Jahrhunderts eine Zeitenwende eingeleitet hat. In der deutschen Wochenzeitung Die Zeit wird der Roman als eines der wichtigsten Werke der Gegenwartsliteratur bezeichnet.
Daneben ist Zauner aber auch erfolgreich als Dramatiker tätig, seine Stücke wurden am Landestheater Linz, am Schauspielhaus Graz, am Landestheater Salzburg, am Volkstheater Wien, sowie an verschiedenen deutschen und Schweizer Bühnen uraufgeführt. Sie werden nachgespielt und in Übersetzungen an zahlreichen fremdsprachigen Theatern mit Erfolg aufgeführt. So etwa wurde „Spuk“, erstmals am Landestheater Linz, in der spanischen Übersetzung vom Teatro Granero in Mexiko-Stadt über zwei Jahre lang en suite gespielt.Ein besonders ehrgeiziges Projekt sind die Rainbacher Evangelienspiele, die 2004 äußerst erfolgreich mit dem Stück „Passion“ begonnen haben. Friedrich Ch. Zauner ist Präsident des OÖ. P.E.N.-Clubs, Träger des Landeskulturpreises für Literatur und Ehrenbürger seiner Heimatgemeinde Rainbach.